面对日益增长的民族主义力量，英国决定对埃及动武，1882年7月11日英军炮轰并占领亚历山大港，挑起了侵埃战争。阿拉比领导埃及军民进行艰苦的反抗，从7月28日起，埃及军队多次迎击英军，使英军无法从北部进攻开罗。但是，由于上层统治集团的叛卖，以及阿拉比轻信苏伊士运河区的中立，导致东线防御薄弱。结果，8月，英国大军在运河区登陆，接着向开罗进犯，9月15日开罗陷落，阿拉比等被捕。这以后，尽管埃及在名义上仍是奥斯曼帝国的属地，但事实上已完全被英国控制，由英国驻埃及总领事巴林“暂管”。巴林的“暂管”一直延续了24年，他也成了埃及的“太上皇”。1915年，借第一次世界大战之机，英国宣布埃及是保护国，正式将它纳入了英帝国范围之内。
随即，英国将目光投向苏丹。苏丹是埃及的附属国，但领土比埃及还要大，也没有完全被埃及征服。1869年伊斯梅尔派英国军官前往苏丹南部建立赤道省，1874年，曾在中国参与镇压太平天国的查尔斯·戈登（General Charles Gordon,1833-1885）接任赤道省省长。1881年，一个名叫穆罕默德·阿哈迈德（Muhammad Ahmad,1844-1885）的人自称马赫迪（Mahdi/Madhi，意为“受真主指引的人”），在苏丹发动民族起义，于11月击败一支由英国人指挥的埃及军队，驱逐了埃及占领军，建立了苏丹人自己的政权。当时，格拉斯顿政府不想进行军事干预，遂于1884年1月命戈登去喀土穆（Khartoum）观察形势，寻找出路。戈登先到开罗，被任命为苏丹总督，随后到喀土穆，要求政府派兵增援，以镇压马赫迪起义，但英国政府未予采纳。1885年初，4万起义军攻克喀土穆，在总督府前击毙戈登；至夏天，起义军已解放苏丹全境，建立了自己的国家。