【教会和国家的冲突】当封建制度衰落以后，国王逐渐制服了国内的诸侯，建立强固的中央政府，他们开始感觉到教会的权力未免过大、财富未免过多，因此国家和教会间就产生了许多问题。（一）主教和住持的权力究竟应归什么人享有？国王和教皇当然都想援引自己的亲友。而且教皇对于被任命的人原可征收一大宗捐款。（二）国王究竟能否征收教会产业的赋税？教会的资产既然日有增加，他们对于政府的费用是否可以不负责任？教会中人往往以为他们办理教务、维持教堂、建设学校、救济贫民等事业费用都很浩大，没有余力可以帮助政府。不过教会规定凡国王有急用时，教士可以酌量捐助。（三）什么类型的法案应受教会法院的管辖？教徒犯罪是否只有教会法院才有审判的权力？这都是国家和教会权力冲突的要点。而且当时凡案件都可上诉于教皇，教皇法院可以推翻一切法院的审判。这种大权独揽的情形尤为国王所忌讳。（四）最后一个困难问题，就是教皇干涉各国的内政究竟可以达到什么程度？关于这一点，我们在前面叙述教皇和皇帝争雄时，已可窥见一斑了。
【教会大分离】到1300年时，英法两国君主的地位都已比较强固，他们就先后起来和教皇争权。罗马教皇的威势此时因为内部的腐化和外部的攻击大大衰落。法国的君主竟设法把教皇的宫廷由罗马移往法国南境的阿维尼翁（Avignon）。教皇在此受法国政府的卵翼先后达七十多年（1305年—1377年）。此后又继以一个教皇选举纷争的时期，往往两三个教皇同时被选出，真伪相持，不相上下，互相诋毁，信誉扫地，这就是西方史上所谓教会的“大分裂”。直到15世纪时，教皇才逐渐恢复从前所拥有的一部分权力，迁回罗马的旧都。但是教会本身的信誉却从根本上被动摇了，最终发生了马丁·路德的宗教革命运动。